Powstaje najczęściej przy zakażeniu prątkiem typu bydlęcego, na skutek picia surowego mleka lub przetworów mlecznych od krów chorych na gruźlicę. Gruźlica przewodu pokarmowego powstaje dwoma drogami: od strony światła jelita i drogą naczyń chłonnych lub krwionośnych.
W obu tych postaciach zmiany w przewodzie pokarmowym mogą powstawać jako gruźlica pierwotna lub jako gruźlica wtórna szerząca się z ognisk w innych narządach ustroju.
Gruźlica przewodu pokarmowego od strony światła jelita może powstać jako gruźlica pierwotna przy zakażeniu przewodu pokarmowego lub wtórna w przebiegu gruźlicy popierwotnej jamistej przy połykaniu plwociny z dużą zawartością prątków Kocha. Postać ta najczęściej występuje u dorosłych.
